Osada Targowa Grodzisk była znana już w X wieku, stanowiła własność książęcą, a potem królewską. Kościół został wybudowany prawdopodobnie w roku 1534 z fundacji królowej Bony i pewnego bogatego szlachcica, który w tym miejscu miał pustelnię, gdzie pokutował za hulaszcze życie. Kościół św. Michała Archanioła jest najstarszym zachowanym drewnianym kościołem w stolicy. W późniejszych czasach był wielokrotnie remontowany, jednak zachował pierwotną bryłę architektoniczną. Jest jednonawowy z dwuspadowym dachem krytym gontem i drewnianą podłogą. W roku 1602 król Zygmunt III Waza nadał Bernardynom okoliczne ziemie i kościół został pod ich zarządem przez około 250 lat. Po kasacie zakonu Bernardynów w roku 1864 świątynia znalazła się pod zarządem parafii Matki Bożej Loretańskiej na Pradze.

Ks. Prymas Stefan Wyszyński dekretem z dnia 28 września 1958 roku ustanowił tutejszy kościół filią parafii św. Izydora w Markach i nadał mu prawo prowadzenia ksiąg metrykalnych. Natomiast 1 lipca 1975 roku została erygowana parafia p.w. sw. Michała Archanioła w Grodzisku.

W kościele znajduje się obraz Matki Bożej Częstochowskiej przeniesiony w 1811 roku z rozebranego kościoła Bernardynek na Pradze, obraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika i obraz św. Michała Archanioła pędzla Jana Molgi. W świątyni są barokowe drewniane figury św. Jana Nepomucena i św. Stanisława Kostki, oraz dwie figury św. Ojców Bernardynów. Ambona zawiera barokowe rzeźby Matki Bożej, św. Józefa i św. Antoniego.
Od roku 1975 Grodzisk należy administracyjnie do Warszawy. Powstają nowe osiedla, przybywa parafian ze wszystkich stron Polski.